Organami NSA są:
- Prezes NSA,
- Zgromadzenie Ogólne Sędziów NSA i
- Kolegium NSA
Zwierzchnie uprawnienia nad wszystkimi sądami administracyjnymi w zakresie administracji sądowej ma Prezes NSA. Funkcje te dotyczą przede wszystkim spraw związanych z tworzeniem warunków do sprawnego funkcjonowania sądów (sprawy kadrowe, finansowe, techniczno-organizacyjne), ale także nadzoru nad sprawnością funkcjonowania sądów. Istotnym elementem niezależności sądów administracyjnych od władzy wykonawczej jest uprawnienie Prezesa NSA do ustalania projektu budżetu tych sądów, włączanego potem do projektu budżetu państwa. Prezesa NSA powołuje Prezydent RP na sześcioletnią kadencję spośród kandydatów przedstawionych przez Zgromadzenie Ogólne Sędziów NSA (art. 185 Konstytucji). Konstytucja nie przewiduje możliwości odwołania Prezesa NSA. Prezes Naczelnego Sądu Administracyjnego ma prawo wglądu w czynności Naczelnego Sądu Administracyjnego, może być obecny na rozprawie toczącej się z wyłączeniem jawności, może żądać wyjaśnień i usunięcia uchybień. W przypadku stwierdzenia uchybienia w zakresie sprawności postępowania sądowego, Prezes Naczelnego Sądu Administracyjnego może zwrócić na nie uwagę i żądać usunięcia skutków uchybienia. Działania Prezesa NSA nie mogą jednakowoż wkraczać w dziedziny, w których sędziowie są niezawiśli (art. 35 pusa). Do kompetencji Prezesa NSA należy również wystąpienie o podjęcie przez Naczelny Sąd Administracyjny uchwały wyjaśniającej przepisy prawne, których stosowanie wywołało rozbieżności w orzecznictwie sądów administracyjnych (art. 36 pusa). Prezes Naczelnego Sądu Administracyjnego może zlecić poszczególne czynności z zakresu administracji sądowej sędziom oraz upoważnić ich do załatwiania określonych spraw w jego imieniu (art. 38 pusa). Prezes Naczelnego Sądu Administracyjnego, za zgodą Kolegium Naczelnego Sądu Administracyjnego, tworzy i znosi wydziały w Izbach – Gospodarczej, Finansowej i Ogólnoadministracyjnej, a także w Kancelarii Prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego i w Biurze Orzecznictwa oraz powołuje i odwołuje przewodniczących wydziałów, Szefa Kancelarii Prezesa Naczelnego Sądu Administracyjnego i dyrektora Biura Orzecznictwa, a także ewentualnie ich zastępców (art. 41 pusa). Do zakresu zadań Prezesa NSA należy również wydawanie zbioru urzędowego orzeczeń sądów administracyjnych (art. 42 pusa).
Art. 46 pusa - Zgromadzenie Ogólne Sędziów NSA tworzą sędziowie NSA. Z urzędu Przewodniczącym jest Prezes NSA, który zwołuje Zgromadzenie co najmniej raz w roku. Do podjęcia uchwał Zgromadzenia Ogólnego Sędziów NSA wymagana jest obecność co najmniej połowy liczby jego członków. Uchwały zapadają bezwzględną większością głosów.
Kompetencje Zgromadzenia Ogólnego Sędziów NSA określa art. 46 pusa, wg którego ZO:
- rozpatruje informację Prezesa NSA o rocznej działalności NSA;
- przedstawia Krajowej Radzie Sądownictwa kandydatów na stanowiska sędziów;
- wybiera kandydatów na stanowisko Prezesa NSA (zob. art. 44 pusa);
- wyraża zgodę w sprawie powołania i odwołania wiceprezesów NSA;
- ustala skład liczbowy Kolegium NSA, wybiera jego członków i dokonuje zmian w jego składzie;
- rozpatruje i opiniuje inne sprawy przedłożone przez Prezesa NSA lub zgłoszone przez członków Zgromadzenia Ogólnego Sędziów NSA;
- wspólnie z przedstawicielami zgromadzeń ogólnych - wybiera, spośród kandydatów zgłoszonych przez zgromadzenia ogólne i sędziów NSA, dwóch członków KRS,
- uchwala regulamin wewnętrznego urzędowania NSA (art. 43 pusa).
Kolegium NSA jest wybierane przez Zgromadzenie Ogólne Sędziów NSA(Art. 46 § 2 pkt 5 pusa). Zgodnie z Art. 47 pusa, kadencja Kolegium NSA trwa trzy lata, a jego Przewodniczącym jest Prezes NSA. Do podejmowania uchwał przez Kolegium NSA stosuje się art. 46 § 5 (uchwały Zgromadzenia Ogólnego).
Kompetencje Kolegium NSA określa art. 47 § 1 pusa, wg którego Kolegium:
- ustala podział czynności w NSA i określa szczegółowe zasady przydziału spraw poszczególnym sędziom;
- przedstawia Zgromadzeniu Ogólnemu Sędziów NSA opinię o kandydatach na stanowiska sędziów;
- wyraża zgodę w sprawie tworzenia i znoszenia wydziałów oraz powołania i odwołania przewodniczących wydziałów, Szefa Kancelarii Prezesa NSA i dyrektora Biura Orzecznictwa;
- rozpatruje sprawy przedstawiane Zgromadzeniu Ogólnemu Sędziów NSA;
- rozpatruje i opiniuje inne sprawy przedłożone przez Prezesa NSA lub z własnej inicjatywy;
- opiniuje kandydatury na prezesów i wiceprezesów WSA.
